脱税などの違法行為の摘発を目的とした強制調査ではない、任意調査の場合、事前に連絡が来るのが一般的です。顧問税理士が付いていれば、顧問税理士宛に連絡が入ります。
ただし、現金商売の飲食店や風俗店の場合は、税務調査が突然入ることがあります。これは「現況調査」と呼ばれています。
たとえ、事前連絡であっても「税務署の調査が入ります」といわれたときの経営者の皆さまのご不安は計り知れないと思います。どうか、焦らず、慌てず税理士まで連絡してください。